امیلیا کلارک در لندن انگلستان به دنیا آمد و در شهرستان برکشایر بزرگ شد. پدرش مهندس صدا در یک تئاتر و مادرش یک تاجر است. برادرش در دانشگاه سیاست می خواند. علاقه کلارک به بازیگری از سه سالگی و پس از تماشای موزیکال Show Boat در تئاتری که پدرش در آن کار می کرد آغاز شد.