سپتیک تانک در بهترین حالت توانایی دارد بار آلودگی را تا حد 60 درصد کاهش دهد ولی نکته مهم در سپتیک تانک این است که بار آلودگی میکروبی از یک‌سو و بوی تعفن حاصل از فعالیت باکتری‌های بی‌هوازی و واکنش‌های شیمیایی که موجب تولید گاز متان و دی‌اکسید سولفور می‌گردد از سوی دیگر بعد از استفاده از سپتیک تانک فاضلاب از بین نمی‌رود.