هدف دستگاه تصفیه فاضلاب تصفیه مواد آلی موجود در آن و نیز حذف مواد و ذرات جامد معلق می باشد به گونه ایی که فاضلاب تصفیه شده نتواند بستری برای رشد میکروب های نامطلوب و بیماریزا باشد. در تصفیه بیولوژیکی فاضلاب تمامی عوامل بیماریزای میکروبی از بین می روند.