دستگاه تصفیه فاضلاب بی هوازی دارای بوی بد و مقادیر زیادی گاز متان می باشد ولی دستگاه تصفیه فاضلاب هوازی به هیچ عنوان بویی از تجزیه فاضلاب بوجود نمی آید . البته بوی بد حاصل از فعالیت باکتری های بی هوازی توسط ونت قابل انتقال به بالاترین نقطه ساختمان می باشد . لذا نگرانی از این بابت به خریدار دستگاه تصفیه فاضلاب بی هوازی وجود نخواهد داشت .