پناهی بازیگری را نخست از مجموعه تلویزیونی محله بهداشت آغاز کرد. سپس چند نمایش تلویزیونی با استفاده از نمایشنامههای خودش ساخت که مدتها در محاق ماند.
با پخش نمایش «دو مرغابی در مه» از تلویزیون که علاوه بر نوشتن و کارگردانی خودش نیز در آن بازی میکرد، خوش درخشید و با پخش نمایشهای تلویزیونی دیگرش طرف توجه مخاطبان خاص قرار گرفت.
نمایشهای دو مرغابی در مه و یک گل و بهار که پناهی آنها را نوشته و کارگردانی کرده بود، بنا به درخواست مردم به دفعات از تلویزیون پخش شد. در دهه شصت و اوایل دهه هفتاد، او یکی از نوآورترین نویسندگان و کارگردانان تلویزیون بود.
به دلیل فیزیک کودکانه و شکننده، نحوه خاص سخن گفتن، سادگی و خلوصی که از رفتارش میبارید و طنز تلخش بازیگر نقشهای خاص بود. اما حسین پناهی بیشتر شاعر بود؛ و این شاعرانگی در ذرهذره جانش نفوذ داشت. نخستین مجموعه شعر او با نام من و نازی در 1376 منتشرشد. این مجموعهٔ شعر تاکنون بیش از شانزده بار تجدید چاپ و به شش زبان زندهٔ دنیا ترجمه شدهاست.
وی در 14 مرداد 1383 در سن 48 سالگی درگذشت و در قبرستان شهر سوق (واقع در استان کهگیلویه و بویر احمد) به وصیت خود ایشان به خاطر اینکه مادرش در آنجا دفن شدهاست به خاک سپرده شد. علت مرگ به گزارش پزشک قانونی سکته قلبی بودهاست.