اولین نشانه ای که می تواند بیانگر فیستول مقعدی باشد وجود شکاف در ناحیه ی مقعد است. با مبتلا شدن به شکاف مقعد در حین حرکات روده فرد احساس پریشانی و درد می کند. و پس از دفع مدفوع ممکن است خون مشاهده شود. به طوری کلی نشانه هایی که می توان از آن به ابتلا به این عارضه پی برد عبارتند از: