عملکرد مخزن سپتیک تانک بدین گونه صورت میپذیرد که فاضلاب توسط لوله های کار گذاشته شده به درون مخزن سپتیک تانک هدایت میگردند و پس از ورود به مخزن سپتیک تانک به علت کاهش سرعت جریان بخشی از مواد معلق و مواد سنگین آن ته نشین گردیده و بصورت لجن در کف مخزن قرار میگیرد . در مرحله بعد به کمک باکتریهای بی هوازی شروع به تجزیه مواد آلی موجود کرده و لجن فاضلاب را هضم مینماید . سپتیک تانک بطور طبیعی فاضلاب را تصفیه میکند و پساب را برای مدت زمان کافی درون خود نگه میدارد تا زمانی که مایعات و مواد جامد از هم جدا شوند .