تنها راهی که در خصوص درمان کیست مویی پاسخگو است جراحی می باشد که در روش های سنتی با برداشتن این توده به شکل گسترده انجام می شود و باعث ایجاد یک حفره بزرگ می گردد که تقریبا 2 ماه زمان می برد تا حفره پر و بسته شود. در بعضی موارد برای بستن این حفره نیاز به روش های جراحی پلاستیک وسیع است. خوشبختانه امروزه با لیزر درمانی جراحی بسیار راحت تر و بی درد سر تر از قبل شده است.