بزرگترین دلتای درونسرزمینی جهان به نام دلتای اوکاوانگو در بوتسوانا قرار دارد. بخشی از حوضه آبریز رود لیمپوپو که از زمینچهرهای اصلی جنوب قاره آفریقا است در بوتسوانا قرار گرفتهاست. سد گابورون که بر یکی از شاخههای این رود به نام نوتوانه ساخته شده، آب پایتخت را تامین میکند. رود چوبه که در شمال کشور واقع شده، در ناحیه کاپریوی، مرزی طبیعی میان بوتسوانا و نامیبیا ایجاد کردهاست. رود چوبه در محلی به نام کازونگولا به رود زامبزی میپیوندد.