بنیصدر در 12 بهمن 1357 با هواپیمای حامل امام خمینی (ره) از فرانسه به ایران آمد یک سال بعد در پنجم بهمن 1358 رئیس جمهور شد سیام همان ماه به فرماندهی کل قوا منصوب شد 20 خرداد 1360 از فرماندهی کل قوا برکنار شد سی و یکم همان ماه کفایت سیاسی او در مجلس رد شد و یک روز بعد از پست ریاست جمهوری عزل شد.
پس از آن به زندگی مخفیانه روی آورد و هفتم مرداد همان سال با ظاهری زنانه به همراه مسعود رجوی سرکرده گروهک تروریستی منافقین از ایران فرار کرد.
خبر مرگ بنی صدر پس از یک عمر فرار بر اساس اطلاعیه خانواده او پس از یک دوره طولانی بیماری در پاریس امروز شنبه 17 مهر منتشر شد. او 88 سال سن داشت.