در واقع میتوان گفت در اغلب موارد عامل فیستول مقعدی آبسه است. زیرا فیستول در اثر عفونت درمان نشده آبسه ایجاد می شود. یکی از موارد تفاوت فیستول و آبسه در تشخیص آن است. آبسه تشخیص ساده ای داشته و معمولا پزشک با معاینه ناحیه مقعد آن را تشخیص می دهد. البته شناخت علت بروز بیماری آبسه ممکن است از بیماری های زمینه ای نشات گیرد که نیاز به بررسی های دقیق تر دارد. یکی دیگر از موارد تفاوت فیستول و آبسه در درمان آنها است. درمان بیماری آبسه راحت تر است برای درمان تنها کافی است برای برطرف شدن عفونت از آنتی بیوتیک استفاده نمایید. و یا در صورتی که عفونت زیاد است پزشک با ایجاد برش عمودی بر روی آبسه عفونت آن را تخلیه خواهد نمود.