یکی از ایرادات نرم افزار مکتبه الشامله عدم موافق للمطبوع است.
ایراد دوم عدم نظارت بر کتبی که از طریق کاربران وارد آن می شود.
حجم بالا، کندی نرم افزار و جستجوی نرم افزار به صورت کتاب به کتاب از دیگر ایرادات این نرم افزار است.
ولی جامعیت فوق العاده و موضوعات مختلفی دارد.