۱۱ رود اصلی و ۳۰ رود فرعی آب کلی تالاب را تامین می کنند و پس از آبیاری مزارع و شالیزارها به همراه جریان های سطحی به تالاب انزلی می ریزند، که مهم ترین آنها عبارتند از: رودخانه پیربازار، رمضان بکنده، قنادی، لله کا، بیجرود، نوخاله، هندخاله، سیاه درویشان، گاز رودبار، نرگستان، چومثقال، کلسر، شیجان، اسپند، چکوور، مرغک خالکایی، بهمبر، شیله سر و کانال مادر، در نهایت این آب از طریق یک کانال کشتیرانی که به وسیله ی دو موج شکن واقع در تأسیسات بندرگاه انزلی حمایت می شوند،