سازمان بسیج دانش آموزی بر اساس مأموریت محوله ، وظائف خاصی را عهده دار است که بر اساس آن فعالیت می نماید. محور این وظائف عبارتست از:
1- تهیه و تدوین اهداف و سیاست های بسیج دانش آموزی
2- تهیه طرح ها ، برنامه ها ، خط مشی ها ، سیستم ها و روش ها و دستورالعمل های لازم در زمینه های :
- آشنا نمودن دانش آموزان کشور با بسیج و تفکر بسیجی.
- جذب و سازماندهی دانش آموزان بسیجی متناسب با عرصه های بکارگیری.
- آموزش های نظامی ، سازمانی و تخصصی اعضای بسیج دانش آموزی.
- آموزش های آمادگی دفاعی دانش آموزان کشور.
- آمادگی جسمانی و فعالیت های ورزشی دانش آموزان بسیجی.
- ایجاد و تقویت روحیه همیاری ، مسئولیت پذیری در دانش آموزان بسیجی برای دفاع همه جانبه از انقلاب اسلامی و مقابله با تهدیدات.
- بکارگیری اعضای بسیج دانش آموزی در اردوهای رزمی ، فرهنگی و عرصه های دفاعی ، امنیتی ، سازندگی ، امدادی ، فرهنگی ، حوادث غیر مترقبه و بلا یای طبیعی.
- تقویت بنیه علمی ، بهبود وضعیت تحصیلی دانش آموزان بسیجی.
- تقویت و ارتقاء سطح فرهنگی دانش آموزان و ترویج روحیه انقلابی در بین آنان.
- الگوسازی برای نوجوانان و دانش آموزان کشور.
- ایجاد و تقویت ارتباط اعضای بسیج دانش آموزی با پایگاه های مقاومت محلی ودانشجوئی.
- ترویج فعالیت های گروهی و ارتباط و همکاری با سایر تشکل های دانش آموزی.
- زنده نگهداشتن حماسه دفاع مقدس ، شهدای دفاع مقدس به خصوص شهدای دانش آموز.
- برنامه ریزی لازم به منظور شناسائی و ترویج فرهنگ امر به معروف و نهی از منکر متناسب با محیط های دانش آموزی.
- طراحی و برنامه ریزی جهت اجرای اردوهای آموزشی طرح ولایت به منظور ارتقاء سطح بینش و دانش ، تربیت مبانی فکری و معنوی ، اعتقادی سیاسی و دور اندیشی دانش آموزان بسیجی.
3- نظارت عمومی و تخصصی و پیگیری نسبت به اجرای وظائف ، برنامه ها و دستورالعمل ها در رده های بسیج دانش آموزی و ارزیابی عملکرد آنها
4- بررسی ، مطالعه و انجام پژوهش های مورد نیاز ، شناسائی فرصت ها ، تمهیدات و توانائی های بالقوه دانش آموزان
5- تهیه و تولید نشریات ، محصولات فرهنگی ، تبلیغاتی و علمی مورد نیاز بسیج دانش آموزی
6- برگزاری مرحله کشوری مسابقات فرهنگی ، هنری و ورزشی ، اردوها ، جشنواره ها ، یادواره ها ، نمایشگاه ها و سایر برنامه های متمرکز بسیج دانش آموزی
7- انجام هماهنگی های لازم با وزارت آموزش و پرورش در رابطه با پشتیبانی از برنامه های بسیج دانش آموزی
8- انعکاس اخبار عملکرد و فعالیت های بسیج دانش آموزی در مطبوعات و رسانه های گروهی
9- تعامل با افکار عمومی دانش آموزان کشور و بسیجیان از طریق مکاتبات ، مراجعات و رسانه های گروهی
10- تهیه تقویم اجرائی فعالیت های بسیج دانش آموزی مدارس