مولر در سال 1964 هنگامی که 19 سال داشت به تیم بایرن مونیخ که در آن زمان در دسته دوم بازی می کرد، پیوست.
در سال ،1965 مثلث بکن باوئر، سپ مایر و گرد مولر که بعدها بایرن را به تیم اول جهان تبدیل کرد، این تیم را به دسته اول بوندس لیگا هدایت کرد.
مولر به همراه بایرن 4 قهرمانی آلمان، 4 قهرمانی جام حذفی آلمان و 3 قهرمانی اروپا را به دست آورد.