داستان بازی Deus Ex Mankind Divided در سال 2029 یعنی دو سال پس از اتفاقات و حوادث Human Revolution روایت می شود ، داستان بازی در فضایی روایت می شود که انسان های تکامل یافته دیگر مانند قسمت قبل محبوب نمی باشند و جایی در اجتماع ندارند به همین دلیل مردم عادی و نیروهای دولتی انسان های تکامل یافته را طرد کرده و تحت تعقیب قرار می دهند ، در چنین شرایطی جمعی از انسان های تکامل یافته گروهی را تشکیل داده اند تا بتوانند از خود و اطرافیانشان دفاع کنند اما در واقع این افراد هدف دیگری در سر دارند . در بازی رایانه ای Deus Ex Mankind Divided شما باری دیگر در نقش Adam Jensen قرار می گیرید و ...