قرار است که هریک از دو نسخهی Fallen Legion داستان منحصر به خودشان را داشته باشند. در نسخهی خانگی، بازیکن هدایت شاهزادهخانم سسیل را بر عهده میگیرد؛ کسی که با وجود اکراهاش، به جایگاه فرمانروایی فنیمیا، سرزمینی رو به نابودی، رسیده است. در آنسو درحالیکه سسیل به دنبال آن است تا شکوه را به امپراتوریاش بازگرداند، یکی از فرمانداران وی تلاش میکند تا با کودتا، تخت پادشاهی را به چنگ بیاورد. در نسخهی ویتا بازی به سراغ این فرماندار میرود و ضمن روایت شدن داستان از دید او، حیلهگری و مهارت وی در استراتژیهای جنگی به تصویر کشیده میشود.