داستان فیلم در مورد سوسوکه پسری ۵ ساله است که پدرش دریانورد است و اغلب ماههای سال را در ماموریتهای آبی به سر میبرد. او به همراه مادرش لیزا روی یک صخره در نزدیکی دریا زندگی میکند. یک روز سوسوکه در کنار ساحل، یک ماهی قرمز زیبا را پیدا میکند و نام او را پونیو میگذارد. او کمک میکند تا پونیو را از خطری که پیش رو دارد، نجات دهد و این ماهی را همراه خودش به منزل میبرد و .....