کیوتو (به ژاپنی: 京都市) یکی از بزرگترین شهرهای ژاپن با جمعیتی حدود یک و نیم میلیون نفر است. این شهر در گذشته پایتخت ژاپن نیز بودهاست. دانشگاه کیوتو در این شهر قرار گرفتهاست.
در تقسیمبندی کشوری قدیم ژاپن بود. محل قرار گرفتن شهر کیوتو در قسمت جنوبی استان کیوتوی امروزی در ولایت یاماشیرو بودهاست