ابررایانهها با رمها و کار آیی های بسیاری که دارند معمولاً برای عملیات حساس روی محاسبه از جمله مسائل فیزیک کوانتوم، هواشناسی، تحقیقات آب و هوا (از جمله تحقیق دربارهٔ گرم شدن کرهٔ زمین) مدل سازی مولکولی (مطالعهٔ ساختارها و محتویات ترکیبات شیمیایی، ماکرومولکولهای بیولوژیکی، پلیمرها و بلورها) شبیهسازیهای فیزیکی (مثل شبیهسازی هواپیماها در تونلهای هوا، شبیهسازی انفجار سلاحهای هستهای و تحقیق دربارهٔ پیوست هستهای) تحلیل مخفی و … استفاده میشوند. دانشگاههای بزرگ، مراکز نظامی و آزمایشگاههای تحقیقات علمی بزرگترین کاربران آن هستند.