داستان این بازی وفادار به یکی از کمیک های لاکپشت های نینجا و البته همانند سریال پخش شده اش می باشد . اما تا الان سازندگان فقط از یک قطب داستان صحبت کرده اند و یک گروه را دشمن نینجاهای ما قرار داده اند . داستان اصلی بازی در مورد گروه دوم دشمنان است ؛ یعنی همان هایی که باعث جهش شدند . ماجرا از این قرار است که گروهی فضایی از دریچه ای در سیاره ی خود وارد سیاره ی زمین و البته نیویورک می شوند و می خواهند ماده ای را روی زمینی ها آزمایش کنند . این ماده ی صورتی رنگ چیزی است که باعث جهش هر انسانی می شود .