کویر بهاباد در 200 کیلومتری شرق یزد واقع شده که از شمال به کویر ساغند، از جنوب به استان کرمان، از غرب به شهر بافق و از شرق به کویر لوت و منطقه حفاظتی بکر نایبندان محدود می شود.
در حوضه آبریز دشت کویر ، رودخانه شور (مهم ترین رود منطقه) جریان دارد که از کوه های آسفیچ و بنستان سرچشمه گرفته و به دشت کویر می ریزد.
منطقه کویری بهاباد از نظر آب و هوایی در ناحیه گرم و خشک قرار گرفته و به خاطر وجود شن های روان، تپه های شنی، لخت بودن دشت ها و کوهستان ها؛ باد به صورت طوفان های سهمگین شنی با سرعت 90
کیلومتر در ساعت می وزد. در این منطقه میزان بارندگی بسیار کم و متوسط سالیانه آن بین100 تا 350 میلیمتر می باشد که با توجه به ارتفاعات، متغیر است.
نوسانات درجه حرارت منطقه کویری بهاباد بسیار متغیر می باشد به گونه ای که گاهی از 45 درجه سانتی گراد بالای صفر به 20 درجه سانتی گراد زیر صفر تغییر پیدا می کند.