عامل اصلی بیماری زگیل تناسلی مانند انواع دیگر زگیل، ویروسی به نام پاپیلوم انسانی با نام مخفف HPV است. این ویروس انواع مختلفی دارد که امروز بیش از صد نوع آن شناسایی شده است که از این میان، بعضی اهمیت بیشتری دارند. به طور کلی عامل HPV ضایعه ای به نام زگیل ایجاد می کند.