اندازه مولکولها از حدود یک ده میلیونیم میلیمتر تا یک هزارم میلیمتر متغیر است. سادهترین انواع مولکولها فقط دو یا سه اتم دارند. مثلا گاز هیدروژن از مولکولهایی تشکیل شده است که فقط دو اتم هیدروژن دارند. مولکولهای بزرگتر از انواع مختلفی از اتمها تشکیل میشوند که به صورت ساختار پیچیدهای در کنار هم قرار گرفتهاند. مثلا یک مولکول گلوکز در مجموع ، 24 اتم کربن ، هیدروژن و اکسیژن است، اما بزرگترین مولکولها در واقع از تعداد زیادی مولکولهای کوچکتر تشکیل میشوند که به صورت الگویی تکرار شونده در کنار یکدیگر قرار گرفتهاند. این مولکولها ، درشت مولکول خوانده میشوند.