در ادامه قسمت اول، حیوانات باغ وحش نیویورک، شیری به نام الکس گورخری به نام مارتی، زرافه ای به نام مل مان و اسب آبی به نام گلوریا، همچنان در جزیره ماداگاسکار گیر افتاده اند و قصد دارند آنجا را ...