با تمامی مزیت های فوق در تکثیر DNA با روش PCR محدودیت هایی نیز وجود دارد که مهمترین آنها اندازه قطعات قابل تکثیر می باشد به طوری که حداکثر اندازه قطعه هایی که با روش PCR معمولی تکثیر می گردد 5 هزار نوکلئوتید (kb 5) و در روش های بهینه شده تا 20 هزار نوکلئوتید (kb 20) می باشد. مشکل اساسی دیگرPCR آلودگی نمونه های مورد بررسی است. به دلیل حساسیت فوق العاده و قدرت تکثیر زیاد PCR هر قطعه DNA خارجی که وارد محیط PCR شود مورد تکثیر قرار گرفته و نتایج عجیب و دور از واقعیتی به وجود خواهد آورد. گاهی نیز باقیمانده ی قطعات DNA حاصل از تکثیر DNA های قبلی باعث آلودگی PCR می شود. برای رفع مشکل امروزه از ظروف یک بار مصرف استفاده میشود. کلیه ظروف قبل از استفاده اتوکلاو میشوند تا سلولها و مولکول های موجود در آن ها تا حد ممکن غیر فعال میشوند. یـکــی از روشهــای پـیـشـنهـادی انجـام PCR داخـلــی یـا Nested PCR اسـت.برای کسب اطلاعات بیشتر به سایت www.arshadanesh.ir و صفحه ی اینستاگرامinstagram.com/arshadanesh.ir مراجعه نمایید.