ارتباط بین بخش اول و دوم سپتیک تانک به نوعی میباشد که امکان عبور مواد ته نشین شده و چربی های شناور شده از قسمت اول سپتیک تانک به قسمت دوم بدون انجام یافتن تصفیه امکان پذیر نمیباشد و در نهایت پساب تصفیه شده از طریق یک لوله خروجی از سپتیک تانک خارج میگردد .
عملکرد مخزن سپتیک تانک بدین گونه صورت میپذیرد که فاضلاب توسط لوله های کار گذاشته شده به درون مخزن سپتیک تانک هدایت میگردند و پس از ورود به مخزن سپتیک تانک به علت کاهش سرعت جریان بخشی از مواد معلق و مواد سنگین آن ته نشین گردیده و بصورت لجن در کف مخزن قرار میگیرد